Στην Παιδιατρική Κλινική αντιμετωπίζονται γενικά νοσήματα αλλά και ειδικές παθήσεις της παιδικής ηλικίας. Τα τελευταία έτη έχουν αναπτυχθεί και εδραιωθεί συγκεκριμένες υποειδικότητες, με αποτέλεσμα να αποτελεί το μοναδικό κέντρο αναφοράς ειδικών παθήσεων για την ευρύτερη περιοχή (Ήπειρο, Δ. Mακεδονία, Ιόνια Νησιά, Αιτωλοακαρνανία, Ν. Αλβανία), ενώ παρακολουθούνται παιδιά και από άλλες περιοχές της Ελλάδας. Αυτές οι υποειδικότητες είναι:

 Ο αριθμός των παιδιών που παρακολουθούνται τα τελευταία χρόνια στα ειδικά εξωτερικά ιατρεία ή νοσηλεύονται στα ειδικά τμήματα είναι συνεχώς αυξανόμενος.